Katalog

1993 (Nisan) Mıchıgan Unıversılesı'nden Francıs Collıns Insan Genomu Arastırma Merkezı'nın başkanlıgına getınldı (Ekim) Ulusal Sağlık Ensütusu ve Enerjı Bakanhgı 199398 donemı ıçın yenıden gozden geçırılmış bır tasan yayınladılar Tksanrun hedeflen arasında, 1998 sonuna dek 80 Mb'lık DNA dızılımının belırlenmesı ve ınsan genom hantasmın da 2005 e dek tamamlanması yer alıyordu Vvellcome Irust ıle Tıp Araştınna Konseyı ortaklaşa olarak guney Cambrıdgedekı Hınxton Hall Sanger Merkea'ra açülar John Sulston yoneümındekı merkez, uluslararası konsorsıyumun en onde gelen dızılım belırleme laboratuvarlarından bın konumuna geldı GenBank'm ventabıru resmen Los Alamoe'tan Ulusal Bıyoteknolo]i Bügı Merkezı'ne taşındı. 1994 (Eylttl) Icwa Üruversıtesı'nden VVeffrey Murray Genethon'dan Cohen ve meslektasları ınsan genomunun geneük baglanülannı tam olarak gosteren bır harıta yaymladılar. 199S (MayısAfnstos) Kalıfornıya Üruversıtesı'nden Rıchard Mathıes ve arkadaşlan gelışunlmış dızıhm belırleme boyalan uretu Mıchael Reeve ve Carl Fufler sabıt ısılı pohmeraz urettıler (Temmsı) Genom Araşürma Ensttusu'nden Venler ve Claıre Fraser üe John Hopkıns'den Hamılton Srruth serbest yaşayan bır organızma olan, "Haemophılus ınflu enzae" ıle ılgılı ılk dızılımı yayınladı (Eylttl) Japon hukumeü, 5 yıllık bır donem ıçın, Tbkaı Tbkyo ve Keıo unıversıtelerınden çeşıtlı dızılım belırleme ekıplenne toplam 1S 9 mılyon dolarlık bır fon ayırdı (Ekim) Stanford Unıversıtesı nden Patrıck Brovvn ve arkadaşları cam baskı bır mıkro dızgeden yararlanarak tamamlayıcı DNA araşürmaları uzerıne bır rapor yayınladılar (Aralık) VVhıtehead ve Genethon dan araştırmacılar (VVhıtehead den Lander ve Thornas Hudson başkanlıgında) fızıksel bır ınsan genom harıtası yaymladılar MegaBÂCE'yı kamuya tanırü 1998 (Ocak) Ulusal Saglık Ensütusu SNP'lerm bulunması amacıyla yenı bır proje başlattıgını ılanetü (Şobat) Japonya ABD AB, Çın ve Guney Ko reden temsücüer, pınnç gen dızılımının belırlenmesı amacıyla oluşturulacak uluslararası bır ortak çalışmanın ana hatlannı goruşmek uzere Japonya'nın Tsukuba kentınde bır araya geldüer (Mart) VVashıngton Unıversıtesı nden Phıl Green, Brent Ewıng ve arkadaşlan dızge belırlemede kullanılan venlen kendılıgmden yorumlayan "phred) adlı bır program yaymladılar (Mayıa) PE Bıosystems Inc "PE Prıssm 3700" adlı kılcal dızgeleme makmemnı pıyasaya sundu Vender "Celerra" adlı yenı bır şırketm kuruldugunu ve b,u şırketm 300 mılyon dolarlık bır yatınmla, uç yıl ıçmde ınsan genom dızüımınm belırleyecegını bıldırdı. Buna karşılık, VVellcome Irust Insan Genomu Projesme aynlan fon mıktannı ıkıye katlayıp 330 mılyon dolara çıkartarak dızge belırleme çalışmalanrun uçte bırını üstlendı (Ekim) 2001 yıhna dek ınsan genomunun "geçerb bır taslagmı" olusturmak hedeflendı Bu arada taslağa son seklının verılmesı ıle ılgılı tarıhı 2005 yılmdan 2003'e almdı (Kfiıfc) Sanger Merkezınden Sulston ıle VVashıngton Unrversıtesı'nden Robert Waterston ve arkadaslan C elegans'm genenk dızgesını belırleme çalışmalarını tamamladılar fızık yasalarrna onculuk edebılır însan genomu dı zılımı taslagının ortaya çıkanlmasıyla bıyolojı dev bır adım atü Ama daha atacagı bırçok dev adım var Kaynak 1 VVatson, J D & Crıck, F H C (1953) 'Molecular stnıcture o( nucleıc acıds' Natuıe 171 4356, 737738 2 Kelao, S J A & Haken H, (1993) "News Laws to be expected ın the oıganısm synergeücs of braın and behavıour" 137159 Hfhlfhead Genom Arofttrma Eıuthüsü 3 Gould, S J (1993)" 'VVhat's lıtey as a problem ın hıstory' her kalıtsal hastahgın) tek bır gen tarann4 KauffinaaS A. (1993), "VVhat's lıfe' dan belırlenmesı gıbı yanlış bır kanı var was Schrodınger nghP" Oysa bırçok geneük hastalık bırçok ge5 VVolpert L, (1995) "Development Is nın bırbırlenyle etkıleşıme gırmesı sothe egg computable or could we generate an nucu ortaya çüayor Genlenn tek tek angel or a dınosaur' 2 3 4 ıle 5'mcı makaleler, Francıs keşfedılmesı ve ne ışe yaradıklannın anCrıclc ın yaşamın kunyasal kokenme ılgı duylaşılması da yeterlı değıl, onlann nasıl masına yol açan Erwm Schrodınger'ın "Yasam ortaklaşa davrandıklannın da keşfedılNedır?' adlı latabmın ellma yüdonümu anısı mesı gerekıyor Ne yazık kı bu konudala na, bıyolojı ve fizık alanırun farklı alt dallannda uzman bırçok tanınmış bılırn adamınm kabldıbügımız çok yetersız gı Dublın' d e h konferansın yer aidıgı "VVhat's Lafe9 The next ufty years Speculaöons on the future of bıology' (İSBN 0521 59939 3 paper back) adb kılaptan almmıştır Farklı dıaıplenlerden bılım adamlannın, bıyolojının geleceŞımdı tek bır hucreyı ele alalım Bır gıyle Ugüı kestırımlerde bulundugu bu ügınç hucrenın davranışı belırh bır anda o latabm çevınsı "Evnm Yaymevı' tarafindan ya yıma hazırlanıyor hucrede hangı genlenn devreye gırıp 6 Balümore D,"Our genomes unvehangı proteınlen urerügıyle belırlenır üed" Ama urenlen proteınler başka genlen www.nflture.com\ngu\ devreye sokarak (ya da devreden çıkara7 Adam D, 'Draft human genome serak) başka proteınlerın uretdmesıne yol quence pubhshed' www.nature.com\nsu\010215\0102152.html açar o da bır dızı başka olayı başlatır ve 8 Adam D 'Unfınıshed sympathy hucrenın davranışı tamamen değışır Aywhatsmıssıng ? nı anda bınlerce gen devreye gınp çı www.nature,com\nsu\010215\010215 IE5 Tyhmm T A GG AA cc cc Genlerin ortak davranışı önemli 1996 (Şnbat) Uluslararası Insan Genomu Projesı'nrn ortakları, dızıkmle ügılı verılerın 24 saat ıçmde kamu verıtabdnına aktanlmasını kabul ettıler (Nisan) Ulusal Saglık Ensntusu ınsan genom dızgesıyle ılgılı genış kapsamlı araştırma yapan altı ekıbe malı destek sağladı Anmetrıks DNA yongalarını pıyasaya sundu (Eylttl) Ener]i Bakanlıgı BAC klonlarınm uçlanndakı dızıbmlerm belırlenmesı amacıyla, toplam 5 mılyon dolaılık altı püot proje baslatü (Ekteı) Uluslararası bır konsorsıyum 'S cerevısıae" adlı mayanın tam genetık dızgesını kamuya açıkladı (Kaaun) RIKEN'den Yoshıhıde HayashızaJa ve ekıbı farenın tamamlayıcı DNA'lannın tam boy ılk dızısını tamamladı 1997 (Ocak) Ulusal Insan Genomu Araştırma Merkezı terfi ederek Ulusal Insan Genomu Arasürma Ensütusu'ne donustu, Enerjı Bakanlıgı Ortak Genom Ensütusu nu kurdu (Eylttl) Pred Blattner, Guy Plunkett ve VVısconsın Üruversıtesı'nden meslektaşlan 5 Mb'lık E colı'nm DNA dızgesmı tamamladılar Molecular Dynamıcs, bır kılcal dızılımını makmesı olan, 727/14 kar Bır de ınsan bedenınde (ornegın gehşım sırasmda) bınlerce hucrenın bır1 bırlenyle etküeştıklennı duşunun Kısa cası hucre (ya da hucre gruplan ve dolayısıyla canlmın butunu) bügısayar programı tarzında bır genomun denetle dıgı duzenlı dınamık ('lıneer') bır sıs tem gıbı degüdır Boyle olsaydı evıım surecınde canlınm genomundakı kuçu cuk bır degışıklık canlmın yok olmasına neden olurdu1 ("Karmaşık' canldann aslında kaosun sınınnda duzenlı davrandı gını gosteren bazı matemauksel ag modellenvar)(4 7) 9 Ball P 'Ideas for a new bıology" www nature com\nsu\010215\01Q21S7html 10 Ball P Bıology goes back to the dravraıg board' www nature com\n3U\01Q215\010215ihuri 11 Gee H ' A journey ınto the genome vvhatsthere www.narure com\nsu\010215\010215Ihiml 12 Whıtfield J 'How the seguence got the way ıt ıs' www.natııre.com\nsu\010215\010215 l.html 13 VVhıtfield, J "The Y chromoaome goldmıne and junkyard www nature. com\nsu\010215\010215SJltmi Transknpsıyon DNA dah bılgmın RNA ya donuşturulmesıdır Bu enzım bılgı üelım sıstemını tersme çevırdığı ters trankrıptaz adım almış * Kendılıgmden orgutlenmeyı (selfor ganızatıon) ocağın uzerınde kaynatılan suda kısa sure sonra kendılıgmden oluşan duzenlı daıresel akıntılarla (konveksıyon alomlan) açıklayabüırız Desen (patern) oluşumuna ıse suyun buz hahne donuşurken kendığılmden duzen oluşturmasını or neğını verebıhnz Bu ıkı olguda da duzen oluş turucu bırprogram ya da bır ttir ' genom yoktur duzensızhkten bu anda duzen ortaya çıkar Ama bu olguları açıklayan fızık yasalan henuz yetersız Genom ağında da boyle bır kendıhğınden orgutlenme olabıhr (Elbette verdığımız omeklerdekj kadar basıt değıl) Bıyolojıde (ozelhkle beyın araştırmalannda) karmaşık sıstemlerde butunu oluşturan tek tek parçalann nasıl ışbırlığı yaparak ışlev sel yapılar olusturduğunu araştıran sınerjetık yasalanndan yararlanılmaya başlandı Orneğm beyınde böyle bır patern oluşumuna rastlandı (Bkz Kelso SI A&HakenH (1993) NewsLaws to be expected ın the organısm synergetıcs of bram and behavıour 137159) 1999 (Mart) Ulusal Saglık Enstitusu ılk taslagın tamamlanma tarıhını yenıden one alarak, bu kez 2000 bahan olarak belırledı (Niaan) VVellcome Irust'un yanı sıra on şırket venlenn her uç ayda bır kamuya ıleülmesı amacıyla SNP konsorsıyumunu başlattı (Eylttl) Ulusal Saglık Enstitusu, uç yıl ıçmde farenın genom dızılımının belırlenmesı ama cıyla 130 mılyon dolarlık bır proje başlattı (Aralık) Ingılız Japon ve Amerıkalı diastırmacılar ınsanm 22 numaralı kromozomunun ılk dızılımını tamamladılar 2000 (Mart) Celera ve arkadaş lan 180 Mb hk' Drosophıla melanogaster adıyla büınen meyve sınegının ge neük dızgesını belırledıler Boylelıkle, bu tarıhe dek belırlenmış en buyuk gen dızgesıne ımzalarım atan e b p aynı zamanda \fenter m tarnşmalı (shut gun segyencmg) rumgenom aüşı' yontemınm geçerlılıgını de kanıtlamış ol du (Mayıa) Alman ve Japon araştırmacılar başkanlıgındakı Insan Genomu Projesı konsorsıyumu 21 koromozomun tam dızgesını yayınladı (Hariran) Beyaz Saray'da yapılan bır torenle, Insan Genomu Projesı ve Celera ortaklaşa olarak ınsanm geneük dızılımının ılk taslagınm tamamlandıgını ılan ederek, aralanndakı çekışmenm sona erdıgını ve bırlıkte çalısmayı surdureceklennı belrrttıler (Ekim) Enerjı Bakanlıgı ve Tıp Araştırma Konseyı, bedenmı şışıren bır balık turu olan "Fugu rubnpes"ın geneük dızgesını belırlemek amacıyla ortaklaşa bır proje baslatü (Aralık) Uluslararası bır konsorsıyumun ılk kez olarak bır bıtkının (Arabıdopsıs thalıana) genenk dızge hantasını tamamladı Insan Genomu Projesı konsorsıyumu çalışma taslagmı "Nature" dergısınde yayımladı Bu yuzden arük, ınsan genomunu da tıpkı bırçok sınır agının ortaklaşa davranarak farklı ışlevlen yenne getırdıgı beyın gıbı karmaşık bır ağ olarak ele almak gerekıyor (Beüa de ınsan genomu da ' kendılıgınden örgutlenen "karma şık" bır sıstemdır^ Gelecekte fizıktekı 1 kendılıgmden orgutlenme ' ve "patern oluşumu' gıbı kavramlan da bıyolojıye dahıl etmek gerekebılır) Bugune dek molekuler bıyolojıde çoğunlukla butunu en temel parçalarına (genlere) dek ındırgeyerek sonuca ulaşma anlayışı benımsendı Bugun DNA çıplen sayesınde gen yagmurunun altinda daha çok ıslanıyoruz. Ama artık hem butunu oluşturan parçalan hem de bu parçalann koleknf davranışlannı ve çevreyle olan etküeşımlennı goz onune alan yenı bıyolojı yasalan gerekıyor (7) Bu yenı bıyolojı yenı