Katalog

TARTIŞMAEDİTÖRE MEKTUP Özür ve düzelme: 3 Kasım 2006 tarihli CBT’nin tartışma köşesinde “SunyUOLP “nimeti”: Hayaller ve gerçekler ”isimli yazı Prof. Dr. Yaman Barlas’ a aittir. ybarlas@boun.edu. tr. CBT1026/21 17 Kasım 2006 tarihin her döneminde kültürün ve uygarlığın üretildiği yerlerdir. Avrupa kadar, İslam da bir kent uygarlığıdır. Uygarlık denen, kültürlerin en üst düzeylerinden süzülmüş düşünce, davranış ve sanat, toplum eğitiminin kaynağı kentlerde toplanmıştır. Osmanlı kültürü de İstanbul’da ve bir kaç kent merkezinde gelişmiştir. Bu süreç binlerce yıl çalışmıştır. Bugün ters bir süreç yaşanıyor. Cumhuriyetin ilk yıllarında Türkiye nüfusunun %90’ı köylerde yaşıyordu. Bugün bu nüfusun çoğunluğu kentlerde yaşıyor. Bir bölümü sözde eğilmiş olsa da, sadece gazete başlıklarını anlıyacak düzeyde okumuş yazmış bir kentli çoğunluğumuz var. Belki kent kültürleşme görevini görsel örneklerle bir ölçüde yerine getiriyor. Köylüler ve küçük kasabalılar yol, gökdelen, dev alışveriş merkezleri, stadyomlar otobüsler, metrolar, taksiler, kitapçılar, binbir eşya sergileyen vitrinler, büyük tarihi anıtlar görüyorlar. Çöplerin iyi kötü toplandığını, insanların kuyruğa girdiğini, kadınların açık saçık giyinip erkeklerle elele dolaştıklarını görüyorlar. Her türlü zenginlik ve lüks gösterisine tanık oluyorlar. Alamasal bile vitrinlerdeki eşyaları seyrediyorlar. Büyük kalabalıklara karışıyorlar. Çocuklarını daha kültürlü sınıfların çocukları ile buluştukları okullara gönderiyorlar. Fakat bu etkileşim ve görsel deneyim yeterli değil. Kent bu nüfusu eğitecek güçde değil. Kaldı ki Osmanlı kenti de, Avrupa kentinin Roma çağından ve sonra Ortaçağdan başlayan örgütlenme sürecinden zaten geçmemişti. Eğitilmemiş kırsal nüfus kendi davranışlarını, doğayla savaşarak elde edilmiş hoyratlığını topluma empoze ediyor. Onun için kırsal kültür taşıyıcılarının evlerinin önünü kirletmesinin, ya da otomobil süvariliği yapmasının önüne geçilemiyor. Kaldı ki bu tür davranışları doğal bulan iktidarlar da, onların iradesiyle başa geliyor. Kırdan gelen kentlileşemiyor. Kent de kent olamıyor. Çağdaş yaşamın bilgi bileşeni sürece zor katılıyor. Batıya özenerek ithal edilen bütün öğeler uyumsuz ya da komik, bir Karagöz perdesinin geçici figürleri gibi görünüyor. Toplum kültürünün bugünden yarına değişemiyecek yapısını yansıtan bu olguların daha olumlu bir ortama ulaşabilmesi için, Cumhuriyetin başından bu yana geliştirmeye çalıştığımız rasyonel düşünceyi, politika ve yağmayı dengeleyecek bir konuma getirmemiz gerek. 2006 Nobel Kimya Ödülü, doğru mu? Bu yıl Nobel Kimya Ödülü ABD, Stanford Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Yapısal Biyoloji Bölümü öğretim üyelerinden Prof. Dr. Roger D. Kornberg’e verildi. Bu bilim adamının 1965–2005 yıllarını kapsayan 40 yıllık dönemde SCI’de yer alan dergilerde yayımlanmış 217 çalışması var, hsayısı 75; 1973 yılında yayınladığı bir makalesine 1023 atıf verildiği görülüyor. Prof. Dr. Bahattin Baysal obel ödüllerini 1940’lı yıllardan beri izlerim. Nobel ödülü kazanmış birçok bilım adamı ile tanıştım. Bu bilim adamları arasında oldukça yakından tanıdıklarım var: Peter Debye (1936)*, Herman Staudinger (1953), James Watson (1962), E.M. Purcell (1952), Paul Flory (1974), Henry Taube (1983), Rudolf Marcus (1992). 19581959 kış döneminde Profesör Niels Bohr’un (1922) MIT’de verdiği "Modern Fiziğin Temelleri" dersini izlemiştim. Ancak, öğrencilerime verdiğim derslerde hocalarımı sıralarken, Victor Mayer–B. Gatterman–H. Wieland (1927)–Firitz Arndt (İÜ)–Adolf Parts (ODTÜ) sırasını izlerim: Orta Avrupa Kimya Okulu. Bu yıl ilk kez Nobel Kimya Ödülü’nün konusu üzerinde kuşkuya düştüğümü belirtmeliyim. Bu nedenle konuyu ayrıntılı olarak inceleyerek CBT okurlarına iletme gereğine kapıldım. Canlıların yaşamsal etkinliklerini sürdürmek için gerekli bilginin genlerde saklı olduğunu biliyoruz. Bu bilginin hücrelerin öbür taraflarına geçişinin sağlanması için önce kopyalanması (transcription) gerekiyor. Sayfadaki Şekil, 2001 yılında haberci (messenger) diye tanımlanan RNA polimeraz’ın kopyalanma etkinliğini göstermek için Kornberg tarafından hazırlandı (1). Bir tel yumağı gibi görülen büyük beyaz molekül RNA polimerazı simgeler. Mavi renkli DNAsarmalını destekliyor. Kopyalama sırasında, polimeraz molekülü DNA zincirini küçük bir "oyuk" oluşturmak üzere uygun bir biçimde tutmaktadır. Öyle ki, bu küçük boşluğa sadece, DNA – bloklarının karşısında, RNA oluşturan blokların tıpatıp katılmasına izin verilmektedir. Yanlış bir RNA bloku, bu boşluğa girmeye kalkışırsa, oymalı bilmece tahtasında olduğu gibi, sözü edilen oyuğa yerleşemez. Uygun blokların ardarda katılması ile şekilde kırmızı renkle gösterilen RNA zinciri adım adım büyüyerek oluşur. Yeni bir blokun yerli yerine oturması sonucu, DNA zinciri polimeraz’daki (yeşil renkli) küçük sarmal yapının itmesi ile bir adım ilerler. Böylece, RNA – zincirine adım adım yeni bir blok katılmış olur. Konrnberg ve gurubunun çalışmaları, kopyalama olayının akışını moleküler düzeyde denetleyip izleme olanağı sağlıyor. RNA – zincirinin büyümesi işlemini, reaksiyonun orta yerinde durdurabilme başarısını gösteriyor. Bunun için, gerekli yapıyı oluşturan bloklardan birinin hücredeki çözeltide bulunmamasını sağlıyor. Bu eksik blokun yerleşeceği konuma erişildiği anda, RNA – zincirinin büyümesi durdurulmuş oluyor. Kornberg bu durumdaki molekülleri kristallendirip Xışınları ile resmini çekiyor. Moleküllerin kristal içindeki konumlarını belirten imajları kullanarak atomların zincir ucundaki gerçek yerlerini bilgisayar hesapları ile belirtiyor. 10altbirim içeren bir maya RNA – polimeraz II yapısı, iki kristalde 2.8 ve 3.1 angström ayırımla (resolution) belirlenmiştir. Günümüzde biyolojik moleküllerin kristallendirilmesi ve moleküler yapılarının aydınlatılması çok yaygın bir deney tekniği olarak bilinmektedir. Bu tür incelemelerle oluşturulan bir molekülün yapısı açıklanıyor. N Oysa, bir kimyasal reaksiyon yürürken bu işlemi yapmanın çok güç olduğu biliniyor. Bunun için sadece iyi bir kristal fizikçiisi olmak yetmez. Kornberg, kristallografi ile derin biyokimyasal bilgilerini reaksiyon yolunu izlemek için kullanıyor. Yukarıda sözünü ettiğim kopyalama işleminin bakterilerde nasıl yürüdüğü çok daha önceki yıllarda aydınlatılmış ve üç Fransız bilim adamı bu başarı nedeni ile 1965 yılında Nobel Tıp (fizyoloji) ödülünü almıştı. Eukaryot’larda bu işlemin çok daha karmaşık olduğu anlaşılmıştı. Kornberg gurubunun maya hücrelerinde sözü edilen kopyalama işlemini incelemek için on yıl çalıştıkları görülüyor. Eukaryotik organizmalarda kopyalamayı tetikleyen ve Mediator denilen bir başka moleküler kompleksin bulunması da Kornberg gurubunun başarıları arasında yer alıyor. Son yıllardaki gelişmeleri incelediğimizde, kimya araştırmalarının başlıca biyokimyasal ağırlıklı olduğunu görüyoruz. Böyle de olsa, 2006 Nobel Kimya Ödülü üzerinde yukarıda kısaca verilen açıklamaya dayanarak, bu ödülün, bir Nobel Tıp Ödülü niteliği taşıdığı kanısında olduğu Şekil 1. Roger Kornberg’in Kopyalama işlemi (2001). mu belirtmek iste Beyaz RNApolimeraz , Mavi DNAsarmalı , Yeşil DNArim. Nitekim, polimeraz , Kırmızı Büyümekte olan RNAşeridi. DNA molekülünün çiftsarmal yapısını aydınlatan F. Crick, J. Watson, M. Wilkins bu buluşları için 1962 yılında Nobel Tıp Ödülü aldıkları gibi, Roger Kornberg’in babası Arthur Kornberg de, S. Ochoa ile birlikte "genetik bilginin bir DNA – molekülünden ötekine nasıl geçtiğini açıklayan çalışmaları için 1959 yılında Nobel Tıp ödülünü almıştı. Bu yıl Roger Kornberg’in kazandığı Nobel Kimya Ödülünün dayandığı başlıca bilimsel yayınlar aşağıda verilmiştir. Bu çalışmaların, günümüzde, hücre biyolojisi ve moleküler biyoloji üzerinde uzmanlaşmamış kimyacılar tarafından izlenebilmesi olanağının bulunmadığını belirtmek isterim. KAYNAKLAR : Roger D. Kornberg ve arkadaşları tarafından yazılan üç makale ve bir derleme yazısı. (1) – Science 292, 1863 1876 (2001). (2) – Science 292, 1876 –1882 (2001), (3) – Science 303, 983 – 988 (2004). (4) – FEBS Lett. 579, 899 – 903 (2005). (*) – Parantez içindeki tarihler Nobel Ödülü’nün verildiği yılları belirler.