Katalog

Sanal dünyada moleküler yapı araştırması: Ekran protein İvet Bahar ve arkadaşları, DNA moleküller'min yapısını, yapıdaki değişikliklerin sonuçlarmı ve DNA bozukluklarının nasıl düzeltilebileceğini, ekranda yaptıkları modelleme çalışmalarıyla, yani protein mühendisliği ile araştırıyorlar... B oğazıçı Unıversıtesı Kımya Muhendıslıgı Genetık Teknolojısı Polımer Laboratuvarı bıyomolekuler ya pı ve dınamıklerın kurgusuyla makro molekullerın modellemesı uzerınde çakşmalar yapıyor Tubıtak ve Boğazıçı Unıversıtesı nce desteklenen Polımer Araştırma Merkezı Muhendıslık ve Fen Edebıyat Fakultelerınm ortaklığıyla yurutuluyoı Nato ıle ortak çalışmalaıda da bulunan Prof Dr tvet Bahar ıle gorustuk Soru: Polimer nedir? * Polımer bır çeşıt malzemedır Pohmerık malzemelenn dığer malzemelerden farkı molekullerının çok buyuk oknasıdır Polımerler makro molekullerdır Plastvk, kauçuk tıpı malzemelerın oluşturduğu molekuller, polımer sınıfina gırer Burası Polımer Araştırma Merkezı olarak kuruldu Bu tur yuksek teknolojı malzemelerının bügısayar desteklı sı mulasyonlar yardımıyla tasanmı, gelışünlmesı amacımızdı Zamanla alanımız sentetık malzemelerden doğal malzeme lere kaydı Insan vucudunu da oluş,turan molekullerın asknda hepsı de polımer sınıfina gıren makro molekullerdır In san vucudundakı DNA molekullerı bır çeşıt bıyopolımer proteınler bıyopolımer Ve zaman ıçınde bız sentetık polımerler yerme bıyo polımerlerı ıncelemeye başladık Daha çok da bügısayar ekranı başında tasanm yapıyoruz Mesela malzeme tdsarımı Moleküler modelleme denıyor buna Ama bızım modellerımız hep ekranda Yanı sanal dunyada çalışıyoruz Kuçuk bu laboratuvarımız var, aynı zamanda başka laboratuvarlarla üeüşım hdlındeyız Onlar deneylen yapıyorlar bız ekranda sımulasyon yapıyoruz Tksdnmı modellemesını yapıyoruz, bırtakım tahmınlerde bulunuyoruz Mesela A karışımı dıyelım Sentetık malzemeler ıçm kanşım çok onemlı Şunu şoyle karıştınrsanız daha ıyı nıtelıklen olur, yuksek sıcaklığa daha çok dayanır dıyoruz Onlar, kendı laboıatuvarlannda deneylerle test edıyorlar Bu ışlem sentetık malzemeler ıçın geçerlı Bıyolojık malzemelerdeyse durum daha cıddı Dıyoruz kı, vırus geldığı za man, organızmaya gırerken enzımlerle şoyle etkıleşıyor şoyle bır hareket mekanızması var buraya kuçuk bır mole kul koyarsanız o hareketı bloke edersınız 0 kuçuk molekul de ılacın kendısıdır Bu tuı daha cıddı tahmınlerde ve varsayımlarda da bulunuyoruz Soru: Biyomoleküler modelleme çalışmalan ilk olarak ne zaman başladı? * Bu çalışmalar bügısayar ortamında yapıldı ğı ıçın bügısayar teknolojısıyle el ele gıdıyor Bugı sayar teknolojısı gelıştıkçe bızım verımımız artıyor, yenı yenı bügıler buluyoruz Deneylerle bırçok moleküler yapı belırlera yor Herşey bügı bankala rrna verı bankalarına ya züıyor ve sız o bügüere ın ternetten ulaşabüıyorsunuz Bügısayar teknolojisının bıze çok buyuk yaran var Ük moleküler yapı 1957 yüında Cambndge Unıversıtesı nde belırlendı Bu sayı hızla artmakta Her yü 2 brn tane yenı moleküler yapı, yanı protein yapısı veya proteının oluşturduğu başka bır yapı behrlenıyor Yanı aslında çok yenı bu konular Soru: Bu çahsmalar ne ise yanyor, insan yaşamına getirileri var mı? * Bızım ınceledığvmız bıyopolımerlerden brn de DNA'lar DNA molekullerının yapısı nedır hangı değışıklık ler olursa ne gıbı sonuçlar ortaya çıkar onu nasü duzeltebılırız dıye duşunuyoruz Ekranda modelleme çalışıyoruz Buna protein mühendisliği denıyor Çunku heı bır gen DNA uzerındekı her bır gen, aslında bır proteının sentezını yonlendırıyor O bır şıfre gıbıdır Her bır gen molekulun şıfresı kodudur O şıfrede veya kodda bu hata olursa onun sentezledığı protein de yanlış oluyor Bıyolojık ışlevmı yapmıyor Brrtakun hastalıklara neden oluyoı Bız o durumlarda hangı gen bozuklukları ne tıp hastalıklara neden olabüır hangı proteının ışleme mekanızmasını etkıler gıbı sorulara yamt anyoruz Soru: Bir şeyi ilk olarak siz buldugunuzda, örnegin bir hastahk için ilaç buldunuz, patent alabiliyor musunuz? * Bu çok zor bır şey Herhangı bır yenı üacın kabul edümesı çok uzun brr sureç Mesela bızım bır kaç ay once çıkan bır makalemızde HIV vrrusunun çoğalmasını denetleyen bır enzım var o enzım ne şeküde çalışıyor, hareket mekanızması nasü durdurulabüır dıye bur model üen surduk Bu AIDS tedavısı ıçm çok onemlı ıpuçlan taşıyor Bu bügıler çok saygın dergüerde yayınlanıyor Bu tur katküarımız oluyor Soru: Sizin yaptıguuz isi yapan başka üniversite ya da kuruluş var mı? * Moleküler modelleme yapan başka bır kuruluş yok Turkıyede bu konular henuz çok yenı Moleküler bıyolojı alanında çalışmalar var Fakat bızım yaptıgımız gıbı bügısayar desteklı yapan yok Çalışmalanmız çok onemlı Çunku konumuz ınsan sağlıgı kalıtımsal hastalıklar genetık ozelhkler Soru: Canlüann genetik yapılarmın degistirilmesine etik yönden nasıl bakıyorsunuz? * Bence olaya boyle yaklaşmamak lazım Amaç msanlığa hızmet etmekse, herhangı bır hastalığa çare bulmaksa, yaşam koşıülannı ıyüeştırecekse gerekırse hayvanlar feda edüebüır Soru: Üniversite'de ya da daha genis kapsamlı olarak düsünüraek Türkiye'de çaksmalannız hakkında halk ne kadar bügüi? * Hıç dıyebüırız Insanlar büınçh degü Bunlar hep tartışma konusu Sadece geneük konulan degü guncelbır konu olan gıda endustnsınde bıyoteknolojüc gıdalann kullanımı saghğa zararlı mı dıye tarüşmalar var Ben ve arkadaşlanm, burüarın olumlu yarüarının olumsuz yanlarından daha fazla oldugunu duşunuyoruz Mutlaka butun büımsel buluşlan kotu amaçlarla da kulldnmak mumkun Ama uzun vadede geürdıgı fayda, zaraıından çok daha fazla Keşke halk, bu konularda daha fazla bügüendınlebüse Ancak, ne dense hep karşı olanlar sesmı daha çok yukseltıyor Soru: Neyi araştıracagınıza nasıl karar veriyorsunuz? * Büımsel yayırüan çok yakından ızlıyoruz Dunyadakı büım pohnkalan nedır, stratejüer nelerdır burüan ogrenıyoruz Ayrıca uluslararası üışküenmız çok O da bızım ıçın oksıjen gıbı bır şey Burada kendı ıçımıze kaparuk kalırsak tamamen yanlış olur veya gereksız bır konuya konsantre olabüırız Soru: Buraya kimleri kabul ediyorsunuz? * Genelde muhendıslık veya Temel Büımler lısans programını tamamlamış olan ogrencüer master yapıyor doktora yapıyor Araştırma gorevlısı olarak çahşıyorlar Çogunlukla buradakı ınsanlar kımya muhendısı Ama fizıkçı de var ınşaat muhendısı de var, uçak muhendısı de Soru: Bu merkez için devlet desteği alıyor musunuz, yoksa sadece Boğaziçi Üniversitesi nin bütçeaini mi kullaıuyorsunuz? * Burası hem Boğaziçi Unıveısıtesı'ne at brr labo ratuvar, hem de TUBlTAK'ın bır araştırma unıtesıdır Yanı hem Boğaziçi Unıversıtesınden hem de TUBlTAK'tan des tek alıyoruz Devlet destegı de fena degü Bız aynca uluslararası projelerde de çalışıyoruz Ornegın ben şu anda bır NATO projesırun yonetıcısıyım Bu nedenle dış kaynaklı yardımlar da alıyoruz Elvan Aydeniz, Selin Pozan, Taliho Uzgur, Zelış Topaloğlu IU Üenşım Fakultesı Gazetecüık oğrencüerı 718/4