Katalog

OOOF OFF LINE Tanol Türkoğlu ([email protected]) BİLİM TARİHİ Heartbleed açığından şimdiye dek Facebook, Instagram, Pinterest, Tumblr, Google, Yahoo, Gmail, Flickr, SoundCloud, Youtube, Dropbox, Wikipedia etkilendiğini açıkladı. LinkedIn, Apple, Amazon, Microsoft, Hotmail, eBay, PayPal, Hulu ise etkilenmemiş görünüyor. Evrimin mekanizmalarına yeni bir bakış Bir proteinin baskılanması, bir balığın yaşamsal davranışlarını değiştirebilir mi? Kanayan Yürek – Heartbleed Geçen hafta “açık kaynak kodu” dünyası açısından sıkıntılı geçti. “https:” ile başlayan ve kullanıcıdan şifre soran işlemlerde veri trafiğini kriptolayarak gönderme işlevi gören global bir yazılımda (OpenSSL) ufak bir hata olduğu tespit edildi. Ciddi güvenlik zaafiyetine neden olabilecek ufak bir hata. Açık kaynak kodu modelinde gönüllülük üzerine kurulu, kâr amacı gütmeyen, bağış ve fonlarla ayakta duran bir yapı vardır. Hatta Windows işletim sistemine alternatif olarak üretilmiş olan Linux işletim sisteminin gelişim süreci Vikinomi modeline örnek olarak gösterilmektedir. Bu gönüllülük ve “kurumsal olmayan” yapı öteden beri global iş dünyası tarafından eleştirilmekte ve her fırsatta zaafları gözler önüne serilmekte. Geçen hafta gündeme gelen “Heartbleed” (Kanayan Yürek) isimli güvenlik sorunu da benzer bir kaderi yüklendi. Kulaktan kulağa yayılıyor. Basitçe bu yazılım açığı, üzerinde çalışan sunucu bilgisayarın kendisini kullananlara gereğinden fazla bilgi vermesi ile ilgili. Bilgisayarın çalışıp çalışmadığını test etmek için birkaç harflik bir kelime gönderilir. Normalde bilgisayar da buna cevap verir. Açık şurada ki talepte bulunan program, cevap olarak gereğinden fazla miktarda veri istediğinde (örn. Eğer çalışıyorsan bana “evet” de ve cevap mesajın 64 bin harf uzunluğunda olsun) merkezdeki bilgisayar “ya sana dört harflik bir cevap yeter, 64 bini ne yapacaksın” diye sormuyor, onun yerine istenen uzunlukta mesajı gönderiyor ve gönderdiği mesajın kalan kısmı da bellekten bir parça oluyor. Bu parça büyük bir olasılıkla daha önce o bilgisayarda işlem yapmış bir kullanıcı ile ilgili olabilir. Yani irdelendiğinde o parçadan şifreler, kullanıcı isimleri, kriptolarken kullanılan anahtarlar çıkabilir. Bu sayede başkalarının bu tür hassas bilgileri ele geçirilebilir. Bu hata giderildi ve uyarlandı. Ancak şimdiye dek bu açıktan istifade edenler olmuşsa, bu tür bilgileri ele geçirmiş olma olasılıkları var. O nedenle bazı web siteleri her ihtimale karşı kullanıcılarını şifrelerini değiştirmesi için uyardı. Bazıları ise bu yazılımı kullanmadığını beyan ederek şifre değiştirmeye gerek olmadığını açıkladı. Şimdiye dek bu hatadan etkilenmiş olduklarını açıklayan siteler şunlar: Facebook, Instagram, Pinterest, Tumblr, Google, Yahoo, Gmail, Flickr, SoundCloud, Youtube, Dropbox, Wikipedia. Popüler siteler içinde bu hatadan etkilenmediğini ifade edenler ise şöyle: LinkedIn, Apple, Amazon, Microsoft, Hotmail, eBay, PayPal, Hulu. Twitter ve Wordpress’in ise henüz net bir açıklama yapmadığı ifade edilmekte. Ticari amaç gütmeden, entelektüel amaçlarla yazılım geliştirip, bunu dünya kullanımına sunma imkânı; maliyet ve yaratıcılık açısından olumlu özelliklere sahipken, özellikle kritik uygulamalar işleten firmaların beklediği kurumsallıktan uzak olmaları açısından olumsuz nitelikleri de bünyelerinde barındırıyor. Bu tür oluşumlar bugün olduğu gibi yarın da varlığını sürdürme garantisi verememekte. O nedenle kritik uygulamalarda kullanmadan önce iki kere düşünmek gerekir. Not: Geçen haftaki yazıda SELFITIS diye anılan “hastalık”la ilgili olarak Amerikan Psikiyatri Derneği’nin resmi bir açıklamasının bulunmadığı ifade edilmiştir. O nedenle selfie fotoğraf çekenler şimdilik “tıbben” hasta değiller! Y Osman Bahadır [email protected] Makalenin başyazarı Harvard Tıp Okulu’ndan Nicolas Rohner, bu tezi Astyanax mexicanus üzerinde test etti. Daha önce yüzeyde yaşayan bu balıklar, sonra kendilerini sualtı mağaralarında bulmuşlar ve bu yeni çevrelerine görme yeteneklerini kaybederek uyum sağlamışlardı. Rohner ve meslektaşları, yüzey balıklarını bir HSP90 blokeriyle işleme tabi tutarak beslediler. Bu Kör mağara balığı eni bir araştırmanın sonuçlarına göre, bir proteinin baskılanması, bir balığın nehirlerin yüzey sularından su altı mağaralarına geçişini kolaylaştırabilmektedir. Evrimle ilgili klasik bakış tarzına göre, organizmalar rastlantısal olarak mutasyona uğrarlar ve doğal seçilim de mutantlardan en yararlı olanını seçer. Fakat 13 Aralık 2013 tarihli Science (cilt 342, no. 6164, sayfa: 13721375) dergisinde yayımlanan “Evolution’s Little Helper” (Evrimin küçük yardımcısı) başlıklı makalede, varyasyonla ilgili yeni bir bakış açısı ve bulgusu getirilmektedir. Buna göre, morfolojik evrim sürecinde, henüz açığa çıkmamış, gizli bazı varyasyonlar, doğal seçilim için malzeme sağlayabilmektedir. Halihazırda bir popülasyonun genomunda mevcut olan bir çeşitlilik, bolluk zamanlarında saklı kalabilir, fakat baskı koşullarında adaptasyonla yardıma hazır hâle gelir. Bu tezin temelinde HSP90 adlı bir protein yatmaktadır. Sıcak şok (heat shock) proteini 90 olarak bilinen bu protein (HSP90), bir kör mağara balığının (Astyanax mexicanus) yüzey popülasyonlarında göz boyutlarıyla ilgili varyasyonu fenotipik bakımdan gizli tutmaktadır. Bu nedenle bu varyasyon, HSP90’ın engellenmesiyle açığa çıkar ve seçilebilir ve sonuçta HSP90’ın varlığına rağmen güdük hale gelmiş bir göz fenotipi üretebilir. Mağara koşullarında yetişen yüzey balıklarının da HSP90 sistemi baskılanır ve HSP90’ın direkt engellenmesi durumunda olduğu gibi aynı fenotipik varyasyonlar açığa çıkar. Bu sonuçlar gizli varyasyonun, mağara balıklarında gözlerin yitirilmesinin evriminde bir rolü olduğunu düşündürtmektedir. Bu tez, doğal bir ortamdaki morfolojik evrim için bir kapasite yaratıcısı niteliğindeki HSP90 için bir ilk kanıt niteliğindedir. Massachusetts Teknoloji Enstitüsü’nde yürüttüğü son yıllardaki çalışmalarıyla biyoloji profesörü Susan Lindquist ve makaledeki diğer yazar, HSP90 proteini görevinden alıkonulduğunda, bir zamanlar tekdüze nitelikteki varyasyonların, baskılı yeni ortamda birdenbire çoğaldıklarını saptadılar. Baskılama HSP90’ı saptırdığında, proteinlerin alternatif formları açığa çıkıyor ve özelliklerde daha geniş bir çeşitliliği başlatıyor. O zaman da doğal seçilim bu yeni özellikler üzerinde etkili oluyor ve adaptasyona sevk ediyor. deneyin sonucunda, balıkların gözlerinde ve göz çukuru boyutlarında daha çok varyasyon saptadılar. Mağara suyuna kimyasal bakımdan benzeyen sularda baskı altına alınmış yüzey balıklarında da göz boyutlarının normal çeşitliliğinden daha fazla çeşitliliğe sahip döl ürediğini gördüler. HSP90’ın balıkların gözlerindeki değişime yardımcı olduğu henüz tam olarak kanıtlanmış olmamakla birlikte, bu konu şimdi böylece aktif bir araştırma konusu haline gelmiş durumdadır. HSP90’ın göz varyasyonundaki rolü açıklık kazandığı takdirde, evrim teorisinin yeni bir bakış açısı kazanacağına ve açıklanamayan bazı olguların kavranmasına katkıda bulunacağına şüphe yoktur. Gelişim genetiğinin günümüzdeki temel görüşüne göre, genetik bilginin taşıyıcısı DNA’dır ve bir organizmayı oluşturan proteinlerin üretimi DNA tarafından denetlenmektedir. Dolayısıyla gelişim, DNA denetiminde farklı proteinlerin ontogenez sırasında çeşitlenmesi ve farklı organ sistemlerine özgü proteinlerin özel bir biçimde bir araya gelmesidir. Yukarıdaki olgu kesinlik kazandığı takdirde, çevresel koşulların farklılaşmasına bağlı olarak proteinlerin evrimdeki rolü daha fazla açıklığa kavuşmuş olacak. yanıtların detaylarına kolaylıkla ulaşabilirler: http://evrimagaci.org/makale/510 Burada kısaca özetleyecek olursam, mutasyonların evrimin ana mekanizması olmadığı konusunun halk arasında öğrenilmesi gerektiği ve eldeki verilerin mutasyonları ana mekanizma olarak göstermeye hiçbir şekilde yetmediği kanaatindeyim. Öte yandan, ani değişim olgusunun halen halkın gözündeki evrim algısının önemli bir parçası olduğunu üzüntüyle gözlemliyorum. Eleştirilerinizi, ifadelerin düzeltilmesi ve geliştirilmesi açısından çok kıymetli ve yerinde buluyorum, mutlaka değerlendireceğim. Merak eden okurlarınızı, yazışmamızın detaylarını okumaya da davet ederim. Daha da iyi kitaplarda buluşmak üzere.” Sayın Bakırcı’ya yanıtı için teşekkür ederiz. Geçen hafta yayımlanan “Evrimin Mekanizmaları” başlıklı yazımda yaptığım eleştirilere Sayın Çağrı Mert Bakırcı yanıt gönderdi. Bakırcı şunları söylüyor: “Öncelikle üzerinde düşünerek ve mesai harcayarak kaleme aldığınız yazınız için çok teşekkür ederim. Mutlaka, sizinle epostalaştığımız süreçte de açıkça ifade ettiğim gibi, her bir eleştirinizi detaylıca değerlendirecek ve uygun gördüğüm değişiklikleri uygulayacağım. Sizinle yazışmamızın, halkımıza eleştiri kültürünü yerleştirmek açısından önemli olduğu kanaatindeyim, bu sebeple yazışmalarımızı internet sitemiz üzerinden, hiçbir oynamaya maruz bırakmaksızın yayınlamaktayım. Dileyen okurlarınız, şuradaki bağlantıya giderek eleştirilerinizle ilgili açıklamalarımın ve sizin bana sonrasında verdiğiniz Evrimin Mekanizmaları CBT 1413 12 /18 Nisan 2014