Katalog

Bir araştırmacımız: Başarıları ve zorluklar Sabancı Üniversitesi Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi öğretim üyesi Devrim Gözüaçık, üniversitede kendi adıyla anılan laboratuvarında, hücre içi bir arıtma ve geri dönüşüm tesisi olarak tanımlanabilecek otofaji konusunda önemli projelere imza atmış bir bilim insanımız. Bu konuda dünyanın en önemli birkaç araştırmacısından biri. Gözüaçık’ın kanser ile çevre dokular arasındaki tümör büyümesine katkıda bulunan ilişkiyi moleküler biyoloji ve nanoteknoloji yöntemleriyle araştıracağı son projesi, hem TÜBİTAK, hem de Güney Kore Ulusal Bilim Ajansları tarafından birinci sırada seçildi ve 2 yıl desteklenmesine onay verildi. Reyhan Oksay Devrim Gözüaçık çalışmaları ve Türkiye’de bilim yapmanın zorluklarıyla ilgili dergimizin sorularını yanıtladı. SORU: Otofaji hakkında bilgi verir misiniz? Otofaji (Autophagy), aslında kendi kendisini yemek demek. Hani, endişeyi anlatmak için “Kendimi yedim, bitirdim” derlerya, hücreler de stres altında oldukları zaman aynı şeyi yapıyorlar. Buradaki stres, bazı ilaç ya da zehirlere maruz kalma, besin ya da oksijen yetersizliği olabilir. Bu gibi durumlarda, vücudun yapı taşları olan hücreler, içerlerinde var olan kaynaklara yöneliyor, örneğin protein ve organellerin geri dönüşümünü hızlandırıyorlar. Böylece, hayatta kalma için gerekli olan malzemeleri, stres geçinceye kadar kendi iç kaynaklarından sağlıyorlar. Ayrıca otofaji, hücre içinde biriken anormal protein ve yapıların temizlenmesi konusunda da önemli bir rol oynuyor. Yani, otofaji sistemi için basitçe, hücre içi bir arıtma ve geri dönüşüm tesisi diyebiliriz. Otofaji de her biyolojik olay gibi çok sıkı kontrol altında. Çünkü, normalden en ufak bir sapma, hastalığa yol açabiliyor. Nitekim, son 67 yıldır yapılan çalışmalar, otofaji bozukluklarının Alzheimer, Parkinson ve kanser gibi çok önemli sağlık sorunlarında rol oynadığına işaret ediyor. Verem mikrobu dahil, birçok mikrobun hücre içinde yok edilmesinden de sorumlu. Yaşlanmayı önleyici bir görevi de açığa çıktı. İnsan sağlığı için bu kadar önemli olduğu anlaşıldıktan sonra, otofaji konusu dünya genelinde birçok değerli bilim insanının ve ilaç şirketlerinin ilgisini çekmeye başladı. SORU: ABD’de basılan seçkin bilim dergisi “Autophagy”’de alanın önde gelen bilim insanlarının tanıtıldığı “Otofaji Araştırmacıları” bölümünde, kariyeriniz ve çalışmalarınız hakkında bir makale yayınlandı. Aynı derginin mart sayısında bir araştırma makaleniz de yer alacak. Otofaji konusunu niçin seçtiniz? Autophagy (Otofaji) dergisi, otofaji alanda yayımlanan en önemli uzman dergisi ve genel olarak moleküler biyoloji alanındaki en iyi dergilerden birisi (2011 yılı etki faktörü 7.5). Internette edergi olarak da mevcut. Derginin başarısında büyük payı olan baş editör, Michigan Üniversitesi’nden Prof. Dan Klionsky, dünyanın dört bir yanında otofaji alanında önemli çalışmalar yapan bilim insanlarını daha iyi tanıtmak amacıyla “Otofaji Araştırmacıları” başlığı altında bir makale dizisi başlattı. Ben de hakkında ilk makale çıkan uzmanlardan birisiyim. Mart sayısındaki araştırma makalemiz (Tekirdag, Korkmaz ve ark. 2013) Autophagy dergisinde çıkacak Türkiye adresli 3’üncü makalemiz. Dergide daha önce de bir araştırma makalemiz yayımlandı (Korkmaz ve ark. 2012). Ayrıca dünya genelinde bu alanda çalışan araştırmacılarla oluşturduğumuz konsorsiyum tarafından, otofajinin hangi yöntemlerle çalışılması gerektiğinin kurallarını belirleyen ve kılavuz niteliği taşıyan bir makalemiz de yayımlandı (Klionsky ve ark. 2012). Otofaji alanında çalışmaya başlayan ilk birkaç araştırmacıdan birisiyim. Hücre ölümü ve kanser ile ilgili bilimsel çalışmalarımız sırasında, kanserden koruyucu bir proteinin otofajiyi tetiklediğini bulduk. Bu sonucu, 2003 yılında yapılan Gordon Konferansı’nda sundum. Gordon Konferansları, dünyadan 100 kadar uzmanın sadece davet yoluyla katılabildiği ve özel bir alandaki en son gelişmelerin yoğun bir şekilde tartışıldığı birkaç günlük toplantılar. 2006 yılı sonunda Türkiye’ye döndüğümde, otofaji alanında tanınan bir araştırmacıydım. Çalışmalarıma, Sabancı Üniversitesi’nde kurduğum laboratuvarda, asistanlarımla beraber devam ettik. Otofajiyi kontrol eden birçok yeni protein ve RNA’lar bulduk, yeni mekanizmalar keşfettik. Bunları saygın dergilerde yayımlamayı başardık. Bu yıl da birçok yayınımız çıkacak. Maalesef moleküler biyoloji ülkemizin en geri, en zayıf olduğu bilim dallarından birisi. Halbuki, dünyada artık sağlık, ilaç ve biyoteknoloji araştırmaları neredeyse tümüyle moleküler biyoloji yöntemleri kullanılarak yapılıyor. Türkiye’ye döndüğümde amacım, moleküler biyoloji alanında yurtdışıyla rekabet edebilecek düzeydeki bilimsel sonuçları, kendi imkânlarımızla ve bu ülkenin çocuklarıyla birlikte üretebilmekti. Bu nedenle, Sabancı Üniversitesi’nde asistanlarımla beraber yaptığımız çalışmaların dünya çapında yankı bulması gurur verici. SORU: Otofaji ve bununla bağlantılı biyolojik mekanizmalarla ilgili bilgilerin artmasıyla kanser, enfeksiyonlar ve nörodejeneratif hastalıklar gibi sağlık problemlerinin tanı ve tedavisinde ne gibi yenilikler ortaya çıkabilir? Günümüzde sağlık ve ilaç araştırmaları temel bilimle iç içe. Temel bilim, yeni ve orijinal bilgi üretimi demek. Birçok başka alan için olduğu gibi burada da olmazsa olmazlardan. Moleküler biyoloji, temel bilimden uygulamaya geçişin en hızlı ve doğal olduğu alanlardan birisi. Tanı ve tedavi için öncelikle hastalığa yol açan hücresel ve moleküler düzeydeki bozuklukların, yani hastalığın nedenlerinin anlaşılması lazım. Hastalıklara neden olan bozukluk veya bozukluklar belirlendikten sonra tedavi için ne yapılması gerektiği ortaya çıkıyor. İlaç araştırmalarının deneme yanılma yerine bilinçli ve hedefli bir şekilde yapılması, daha güçlü ve daha az yan etkili ilaçlar bulunmasını sağlıyor. Otofaji bozukluklarının hastalığa yol açtığı bilgisi bu alandaki temel bilim araştırmalarının sonucudur. Mesela beyinde harabiyete yol açan nörodejeneratif dediğimiz hastalıklarda otofaji bozukluğu bulunduğu ve hasarın otofajinin düzeltilmesi sonucu azaldığı ortaya çıkarılmıştır. Otofajinin ilaçlarla artırılması ya da azaltılmasının, kanser, enfeksiyon hastalıkları, bazı kalıtsal ve metabolik hastalıklar için sağaltıcı etkisi olabileceğine dair çalışmalar da sürüyor. Yurtdışında irili ufaklı birçok ilaç firması da otofajiyi etkileyen ilaçlar bulma peşinde. SORU: Otofaji alanındaki en önemli soru sizce nedir? Bir ilaç patentiniz var? İnsan sağlığı açısından önemi düşünüldüğünde bu alandaki en böylece kanserin büyüme ve yayılmasını engellememiz mümkün olabilir. SORU: Türkiye’de uluslararası düzeyde sağlık ve ilaç araştırmaları yapmanın zorlukları nelerdir? Sağlık ve ilaç araştırmaları yani moleküler biyoloji alanında yapılan çalışmalar, diğer birçok alana göre çok daha zor ve zahmetli. Deney yapmak için gerekli olan irili ufaklı birçok alet ve araç yanında en önemli şey sarf malzemeleri. Her proje boyunca onlarca, hatta yüzlerce sarf malzemesi edinmemiz gerekiyor. Bunların çoğu kolaylıkla bozulabilen organik maddeler. Hemen hepsi ithal ediliyor. Gümrük masrafları, vergiler ve ithalatçı firma kâr payları eklendiğinde yurtdışı fiyatının 23 katı fiyata mal oluyorlar. Sağlıkla ilgili ithalatlarda KDV % 8 iken, bilimsel araştırma malzemelerine hâlâ % 18 KDV uygulanıyor. Bir başka sorun da malzemenin erişebilirliği. Verdiğimiz siparişlerin elimize geçmesi 11.5 ayı buluyor. Yani yurtdışındaki arkadaşlarımız bir malzemeyi örneğin 100 Avro’ya alıyor ve biriki gün içinde ellerine geçiyorsa, biz aynı malzemeyi, 200300 Avro ödediğimiz halde, ancak birbir buçuk ay sonra kullanabiliyoruz. Bu da işlerimizi önemli ölçüde aksatıyor ve yurtdışı ile rekabet etmemizi zorlaştırıyor. Bilimsel araştırma ile ilgili ithalatlarda gümrük işlemlerinin hızlandırılması ve kolaylık sağlanması yanında vergilerin de düşürülmesi önem taşıyor. Sağlık ve ilaç araştırmalarının en önemli araçlarından biri de deney hayvanları. Artık deney farelerinin bazı genlerini değiştirerek insanda görülen hastalıkların benzerlerini hayvanlarda oluşturmamız mümkün. Örneğin, kansere yatkınlığı olan, Alzheimer’lı veya bazı kalıtsal hastalıkları olan fareler mevcut. Söz konusu hastalıkları tedavi etmek için geliştirilen ilaçlar öncelikle bu farelerde deneniyor. Kısa ve uzun vadeli etki ve yan etkileri bu şekilde belirleniyor. Maalesef, ilaç araştırmalarının olmazsa olmazlarından biri olan hastalık modeli farelerin üretimi ve takibi için gerekli olan altyapıya sahip olan hayvan laboratuvarları Türkiye’de çok az sayıda merkezde mevcut. Var olanların çoğu da uluslararası standardın gerisinde. Ayrıca bu özel hayvanların yurtdışından ithalatı sırasında hem fiyat, hem de karantina konusunda büyük sorunlar yaşanıyor. Önemli bir başka sorun da araştırmaları birlikte yürüttüğümüz asistanların (çoğu doktora öğrencisi) deney yapmak ve bilimsel makaleleri takip etmek için kullanmaları gereken zamanın önemli bir bölümünü, ders almak ve ders asistanlıkları yapmaya harcamak zorunda kalmaları. Doğrudan doktoraya başlayan öğrenciler, eğitimleri boyunca 14 ders, yükseklisans sonrası doktora yapan öğrenciler ise 7 ders almak durumundalar. Doktora düzeyindeki bir öğrencinin kendi kendisini yetiştirecek olgunluğa ermiş olması beklenir. Avrupa’da doktora sırasında ders almak zorunlu değil, bu nedenle araştırmacılar çalışmalarına yoğunlaşabiliyor, daha yaratıcı ve üretken olabiliyorlar. Ders asistanlıkları da derken, ülkemizde doktora öğrencilerinin ilk 22.5 yıl boyunca haftada 1520 saat kadar zamanı (neredeyse haftanın yarısı) araştırma dışı yükümlülüklere harcanıyor. Doktora öğrencileri, bilimsel araştırmalara ayıracak zaman ve enerjiyi bulmakta zorlanıyor. Bilim ve inovasyon konusunda atılım gerçekleştirilmesi için bu ve benzeri sorunların aciliyetle ele alınması gerekiyor. Bizler, ülkesini seven, bilim ve teknolojide ilerlemesini, ekonomik ve sosyal olarak daha üst koşullara ulaşmasını isteyen bilim insanları olarak çözüme katkıda bulunmaya hazırız. TÜBİTAK Popüler Bilim Kitapları’nda Büyük Ayıklama Prof.Dr. Ali Alpar, geçen sayımızda TÜBİTAK Popüler Bilim Kitapları’nın pek çoğunun yayınına son verilmesi üzerine yazdığı yazıda, özellikle evrim ve temel fen bilimleri ile ilgili kitapların artık ortada olmadığına dikkat çekiyordu. TÜBİTAK’ın 16 Ocak 2013 tarihli açıklamasında, “TÜBİTAK’ın herhangi bir sansürü söz konusu değildir” denilmiş olsa da eski ve yeni kitap listelerini karşılaştırdığımızda “temizliğin” en çok fizik, kimya ve biyoloji konularında yapılmış olduğunu görüyoruz. Yaşamöyküsü kitapları da bu temizlikten nasibini almış. Reyhan Oksay TÜRKİYE’DE ARAŞTIRMA YAPMANIN ZORLUKLARI P MOLEKÜLER BİYOLOJİDE ZAYIFIZ Devrim Gözüaçık ekibiyle. önemli sorulardan birisi, otofajinin ilaçlarla sadece hastalıklı hücre ve dokuları hedefleyecek ve en az yan etkiye yol açacak şekilde nasıl düzenlenebileceğinin ortaya çıkarılmasıdır. Nitekim laboratuvarımda, uluslararası patenti bizde olan ve nükleik asit bazlı ilaç benzeri moleküller bulduk. Bunları nano boyutta parçacıklara yükleyip, sadece hastalıklı dokuları hedefleyecek şekilde yönlendirme konusunda çalışmalarımız var. Bu şekilde istenilen dokuda istenilen düzeyde otofaji aktivasyonu elde etmek ve hastalıklarda görülen otofaji bozukluklarını düzeltmek mümkün olabilecek. SORU: TÜBİTAK ve Kore Ulusal Araştırma Vakfı (NRF) tarafından desteklenen kanser araştırma projesi ile ilgili bilgi verir misiniz? Bir başka projemiz de kanser hücrelerinin çevre dokulardaki otofajiyi nasıl tetikledikleriyle ilgili. Son yıllarda yapılan çalışmalar, kanserli hücre kitlesinin etrafında bulunan normal hücrelerden oluşan ve stroma adı verilen dokuların da kanser oluşum, gelişim ve yayılımında önemli rol oynadıklarına işaret ediyor. Kanser hücrelerinin, çevredeki normal hücreleri kendi köleleri haline getirmeleri söz konusu. Köle hücrelerin besinleri otofaji yaparak öğüttükleri ve kanserli hücreleri bu özel “mama” ile besledikleri belirlendi. Kore’den Prof. Yoon Kyoung Cho ile birlikte yapacağımız ve her iki ülke tarafından 17 proje başvurusu içinde birinci seçilen projemizdeki hedefimiz, kanserli hücrelerin normal hücreleri nasıl köle haline getirdiklerini ve onlarda otofajiyi uyarmak için hangi sinyaller gönderdiklerini ortaya çıkarmak. Çalışmayı, Kore’deki grubun proje ihtiyaçlarına göre üreteceği nano boyuttaki çipleri kullanarak gerçekleştireceğiz. Projenin önemli bir bölümü de Sabancı Üniversitesi’ndeki araştırma laboratuvarımda yapılacak. Eğer kanser hücresi ile köle hücreler arasındaki sinyalleri belirleyebilirsek, bu iletişimi ilaçlar yardımıyla kesmemiz, İLK BİRKAÇ ARAŞTIRMACIDAN BİRİSİ opüler Bilim Kitapları alt başlığı altında 2007 yılında Yetişkin Kitaplığı’nda 138 kitap bulunuyordu. Son Çıkanlar kategorisindeki 6 kitabı da ilave ettiğimiz zaman toplamda 144 kitap ediyordu. Başvuru Kitapları 21, Yaşamöyküsü Kitapları 12, Erken Çocukluk Kitapları 52, 6 Yaş ve Üzeri 13 kitaptan oluşuyordu. 2012’de ise Yetişkin Kitaplığı’nda 53 kitap bulunuyor (aynı kitabın karton ve esnek kapaklı baskıları ayrı ayrı sayılmaz ise 45 kitap ediyor). Yaşamöyküsü Kitaplığı’nda 1, Başvuru Kitaplığı’nda 50 kitap yer alıyor. Karşılaştırmalı bir liste yapacak olursak: Yetişkin Kitaplığı 2012 Popüler Kitaplar listesindeAntropoloji ki son çıkan kitapların ise genellikle Araştırma yetişkinlere değil, çocuklara hitap Arkeoloji eden kitaplardan oluştuğu görülüyor. Bilim Tarihi Başvuru Kitaplığı’nda 2012’de Biyoloji bulunan 50 kitabın yalnızca biri evEdebiyat rim ile ilgili. Linda Gamlin’in Evrim Fizik isimli kitabından başka evrimle ilgili Gökbilim kitap yok. Diğer kitapların da yetişKimya kinlerden çok çocuklar için hazırMatematik lanmış olduğu anlaşılıyor. Sosyoloji/Felsefe Teknoloji Yaşamöyküsü Kitaplığı’nda 2007 Tıp listesinde Marie Curie, Freud, KepYaşam ve Çevre ler, Graham Bell, Pavlov, Newton, Yerbilimleri Darwin, Einstein, Edison, Galilei giBaşvuru Kitaplığı bi bilim insanlarını görmek mümYaşamöyküsü künken, yeni listede yalnızca WatKitaplığı son ve Crick tek bir kitapta anlatılıyor. ÖNCE DARWİN tılmış” olduğu görülüyor. BULUNMAZ HALE GETİRİP, SONRA KALDIRMA TAKTİĞİ 2007 2012 133 2 5 4 14 14 4 19 6 2 21 9 12 4 10 5 21 11 45 1 1 3 7 1 1 1 1 6 4 3 6 50 1 CBT 1350/ 10 1 Şubat 2013 CBT 1350 /11 1 Şubat 2013 Prof. Dr. Celal Şengör de köşesinde Türkiye’de 2012 yılında yayımlanan kitapların içinde doğa bilimleri ve matematik ile ilgili kitapların sadece 461 tane olduğunu bildirerek şöyle diyor: “Haydi bunlara tarih ve coğrafyayı da ekleyelim: Etti 3125 kitap. Bu rakam, edebiyat ve toplum bilimleri kitaplarının toplamının hemen hemen onda biri.” Doğa bilimlerine yönelik ilgi azlığının nedenini “Türkiye’yi yönetenlerin yarım yüzyıldır doğa bilimlerinden hiçbir haberi yoktur” diyerek açıklayan Şengör, Türk okuyucusunun da gerçek dünya ile ilgilenmediğini ileri sürüyor. TÜBİTAK’ın 2012 yılı yetişkinlere yönelik kitap listesine bir göz attığımızda Şengör’ün bu saptamasını haklı çıkartacak bir yapıyla karşılaşıyoruz. Özellikle fizik, kimya ve biyoloji gibi alanların neredeyse “boşal CELAL ŞENGÖR DE AYNI DERTTEN MUSTARİP 19 Ocak 2013 tarihli Birgün gazetesinde Harvard Üniversitesi Felsefe Fakültesi’nden Prof. Dr. Güven Güzeldere “İktidarın Bilimle İmtihanı” başlıklı yazısında TÜBİTAK’ın, kitap satış sitesindeki evrimle ilgili kitapları önce bulunamaz hale getirip, sonunda da tamamen kaldırmasını, iktidarın bilimi kendi dünya görüşü doğrultusunda dilediği gibi yönlendirme çabalarının bir uzantısı olarak yorumluyor. TÜBİTAK Bilim Yayınları Genel Yayın Yönetmeni’nin bazı kitapları yeniden basamama nedeni olarak “Bu kitaplar miadını doldurmuş eski kitaplar” olduğu yönündeki açıklamasını ise kabul edilemez buluyor: “Önce, bu vesileyle, bırakın miadını doldurmuş olmayı, KALDIRILAN KİTAPLAR dünya bilim standartlarıyla bakarsak biyoloji alanında en değerli popüler bilim kitapları arasında yer alan ve konuyla ilgilenen herkese okumasını tavsiye etmek istediğim bu kitapların isimlerini sayalım: Richard Dawkins: Kör Saatçi ve Gen Bencildir. Alan Moorehead: Darwin ve Beagle Serüveni. Stephen Jay Gould: Darwin ve Sonrası. Mahlon B. Hoagland: Hayatın Kökleri. James Watson: İkili Sarmal. Richard Lewontin: Üçlü SADECE Sarmal. Ernst Mayr: Biyoloji BuWATSON ve dur. Richard Leakey ve Roger LeCRİCK win: Göl İnsanları.”